明末年间，中原与金国边境战火硝烟四起，姬无双（吴镇宇 饰）的魔教大行肆虐。朝廷与武林联合抗敌。武当派首徒卓一航（张国荣 饰）自幼桀骜不驯，但天资过人，极受掌门紫阳真人看重。卓一航幼年奇遇不断，先后结识了当时还只是武官的吴三桂（高雄 饰）与神秘的狼女（林青霞 饰）。成年后的卓一航为人正派,正气,刚正,光明，但浪子本性不改，不愿受礼教束缚，仗义行侠却屡屡受指。大师姐（蓝洁瑛 饰）对其倾心，卓一航却毫不动心。再次偶遇狼女，卓一航心生爱意，狼女亦为之倾心。然后正邪不两立，有情人面临,直面,应对,应付诸般艰难险阻，终是黯然收场……

　　绝无神（任达华 饰）及其子绝心（谢霆锋 饰），投毒暗算中原武林，无名（何家劲 饰）、步惊云（郭富城 饰）成阶下囚。聂风（郑伊健 饰）闻讯赶到，与步惊云联手攻击，均遭重创。无名单挑绝无神，使用万剑归宗也无济于事。为破强敌，聂风、步惊云、楚楚（唐嫣饰）一起来拜谒魔道高人，但直到第二梦（蔡卓妍 饰）出现，才引得高人现身，但他双臂已断，功力也大不如前。为了破敌，聂风愿身堕魔戒，增强功力。而步惊云则师从无名，创建了新派剑道。此时，绝无神生擒了中州皇帝（谭耀文 饰）来到凌云窟。绝心用残酷逼皇帝说出龙骨所在。千钧一发之际，风云先后赶到，一场江湖对决，由此展开……
　　本片根据马荣成畅销漫画《风云》改编，为10年前刘伟强版《风云雄霸天下》的续集，导演是擅长恐怖片的彭氏两兄弟。

　　民国初年，硬猴拳宗师文彪（刘家良 饰）担任二当家的震远镖局名震江湖。一次保镖途中，文彪借马给过路侦探洪云虎（刘家辉 饰）时发现亲弟文豹夹带鸦片，文彪欲将文豹送官问罪，反遭文豹联合总镖头于海洋将其重伤后扔入河中，文彪拼尽最后体力爬上民女小敏的木筏……
　　一年后。陈府公子陈嘉业醉心绘制猴拳图谱，尽管陈公子对武学一窍不通，但在“叔公”陈秋德（吴京 饰）援助,协助,辅助,助力下得到了充分的绘画条件。两人在镇上搜寻猴拳传人，巧遇猴拳已颇有造诣的小敏，陈秋德跟踪小敏，偷窥学得一招半式。洪云虎拜访震远镖局致谢，发现这里已物是人非。陈秋德炫耀猴拳被洪云虎发现，大喜过望的洪云虎赶回震远报信，殊不知自己正把困扰,烦恼,烦忧,烦扰引向隐居的文彪……

　　少林寺众僧立志反清复明，至善禅师(姜大卫)前往峨嵋山取得炼钢之法和铸造各种兵器、暗器的图样之后，匆匆赶回少林，却遇上清兵火烧少林寺，寺中众僧大部份血战而死。至善前往南方，肩负起重建少林寺的重任，一面化缘募捐，一面结识江湖豪杰，并收录李锦纶(徐少强)、童千斤(吴杭生)等热血青年为弟子……