负责医治地球的异世界“治愈花园”被企图用疾病侵蚀地球的敌人“病幻者”袭击而陷入危机，地球亦陷入危机之中。
　　为了挽救这个危机，顺利逃走的3只“地球医生见习生”的“治愈动物”们，带着藏有神秘力量的治愈花园的公主拉特，正在前去搜寻,寻觅,查找,探寻拍挡。
　　三名普通少女先后遇到“治愈动物”，变身成光之美少女，向“病幻者”宣战。
　　感应到“病幻者”的攻击而失去生机的拉特，重要的地球，还有在这里生长的所有生命，抱持庇护,维护,呵护,护卫这一切的感情的光之美少女，现在，把治疗地球的力量结合起来吧！
　　那起始,开端,肇始,启始吧！光之美少女的作战！

日本承办的全球最大体育盛事WSG即将在东京举办开幕式。 为此，融合日本先进技术打造最高时速1000km的「真空超电导磁悬浮」即将通车。往返于新名古屋站至东京新开的芝浜站。 在这个万众瞩目的关头，汇集知名赞助商的酒会现场遇到了突发事件。 知名企业的高官接连遭到绑架。事件背后，是全程监视的赤井秀一，以及等候赤井发令的FBI探员们的身影。 根据柯南的推理，本次事件也许与15年前美国波士顿出现,产生,形成,酿成的WSG绑架事件有关，当时也是由FBI管辖。 这真的是偶然吗？在各国游客聚集的日本到底会遇到什么样的事件？ “贯穿日本的子弹”超真空电导磁悬浮启动之时，“危险一亲人,亲属,眷属,家属”终于集结！