经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随孩子,女孩,少女,千金小润（森山树 饰）悄然离去,分离,离别,离别,分别,分离,别离,分散,远离,分离医院；而各国政要的一次关于简易,简约,朴素,单纯计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简易,简约,朴素,单纯计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未终止,中止,停顿,暂停。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……
　　本片为SPEC系列完结篇的前篇。

　　带薪休假的宝生家族千金小姐丽子（北川景子 饰），好不容易和管家影山（櫻井翔 饰）乘直升飞机赶上了开往新加坡的公主丽子号豪华游轮。她在船上意外见到上司——警视厅国立署警部风祭京一郎（椎名桔平 饰），原来风祭奉市长之命护送纯金打造的K狮前往狮城。豪华一流的配套服务，让游客们乐享其中。可就在燃放烟火的夜晚，一名男子的尸体落入海中，引起不小的恐慌。在此之后，风祭、丽子、影山联合起来展开调查，而犯罪分子也以全体船员的性命相要挟禁止与外界联系。
　　接二连三有人遇害，时间则一分一秒地流逝，影山他们能否解开凶险的谜题？