工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常援助,协助,辅助,助力他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决心,打算,计划,准备隐姓埋名，暗中追查他们，渴望,期望,盼望,企望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家搜寻,寻觅,查找,探寻男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学相识,明白,明了,知晓,理解,认知,懂得步美等小学子,门生,弟子,学员，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
