在第一季结尾中，Jaha自愿留在太空中，换来方舟部分人成就,胜利,凯旋,成果降落到地球上的好消息。但百子们却在成就,胜利,凯旋,成果引爆驻地打败地表人后，被抓到气象山的隔离区中……Bellamy和Finn也在与地表人的打斗中生死未卜。 而这一季的故事就从气象山、原方舟人和其他地球人种展开来。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
