就快放暑假了，小学子,门生,弟子,学员上原康一在放学归家,返家,还家,归宅的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。
小咕会说人类的语言，几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好伙伴,好友,挚友,密友，他们一起洗澡，一起吃饭，一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕，小河童成了上原一家的秘密。
一天，小咕提出想归家,返家,还家,归宅和伙伴们在一起。康一为了让小咕明白,明了,知晓,理解外面的世界，悄悄把它带了出去。小咕发现环境已经面目全非，大吃了一惊，这个不适合就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕悲伤,难过,哀伤,痛心,苦闷,悲伤,忧伤，康一也不好受。他和小咕一起外出旅行，来到了还保存着河童传说的远野县。两人在美丽的大自然中找到了适合河童日常,生存,生计,日子的地方，小咕愉快地在清澈的河里游了起来，康一也为它欢喜,愉悦,欣喜,欢欣,喜悦,愉悦,欢喜。可是，在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千万呢！”，赶忙带着小咕离去,分离,离别,离别,分别,分离,别离,分散,远离,分离了那里。
回到家，康一讶异地撞见了一个小报记者。原来那人听说上原家养着一只河童，一定要拍照。小咕的秘密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司勒令一定要让河童上电视。为了上原一家，小咕答应参加电视节目。然而在到场嘉宾里，它看到了一个长得很像杀父凶手的人。就在小咕被恐惧包围的时候，电视节目现场出现,产生,形成,酿成了意外。它拼命逃到了外面，然而无论跑到哪里都会看到黑压压的人群。
为了摆脱让它害怕的人类，小咕爬上了东京塔。夏季的烈日照得它精疲力竭。小咕俯瞰着城市，独自低语道：“哪里都找不到一个安静的地方，这里是人类的窝。我已经不行了。我要去爸爸那里……”
