突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲迎候,迎候,迎面,迎向的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎候,迎候,迎面,迎向真嗣的，却是是爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决心,打算,计划,准备遵从爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也起始,开端,肇始,启始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。
