研究出人工重力装置CX程式的大道寺博士被死神博士追杀。原来，死神博士一心利用CX程式转变,变化,蜕变,变迁地球地轴，将日本列岛沉入海底。这次，本乡和一文字两位假面骑士再次联手对抗险恶,凶恶,歹毒,恶毒的地狱组织……
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
