故事的舞台是魔族特区“恩莱岛”。失去记忆的第四真祖新的战斗！！月光照耀下，在海滩上醒来的晓古城，眼前是一位身穿修道士服装的白发少女。“终于找到你了，晓古城。我的名字是香菅谷雫梨·卡思缇艾拉——是负责监视你的人。”漂浮于东京南方330公里，日本“唯一”的魔族特区“恩莱岛”。失去了除了名字以外的记忆，甚至无法唤出第四真祖眷兽的古城，在绝海的孤岛与新的同伴们共同挑战的残酷任务究竟是什么！？
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
