突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲迎候,迎候,迎面,迎向的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎候,迎候,迎面,迎向真嗣的，却是是爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决心,打算,计划,准备遵从爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面临,直面,应对,应付远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
